平成23年度の税制改正で、マイカー通勤に対する非課税枠が廃止となりました。
会社が支給する通勤交通費で、片道１５ｋｍ以上のマイカー通勤をしている場合には、公共交通機関を利用した場合の１ヵ月分の費用（一般的に１ヵ月分の定期券相当額）までの範囲で金額を支給した場合、所得税はかからないこととされていました。（上限１０万円まで）
今回の改正により、マイカー通勤をしている場合は、現行の通勤定期券相当分の非課税枠は適用されない事となり、下記の金額までが非課税となる範囲となります。
片道１０キロ未満 月額４，１００円まで
片道１０キロ以上１５キロ未満 月額６，５００円まで
片道１５キロ以上２５キロ未満 月額１１，３００円まで
片道２５キロ以上３５キロ未満 月額１６，１００円まで
片道３５キロ以上４５キロ未満 月額２０，９００円まで
片道４５キロ以上 月額２４，５００円まで
通勤距離により非課税となる範囲が異なりますので、マイカー通勤対象者がいる場合には、従来の通勤交通費の支給方法を見直すなどし、また給与処理でも所得税の控除モレがないように対応が必要となります。
この改正は、平成24年1月1日以降に支給する通勤手当より適用となりますので、年内に通勤交通費の支給ルールを確認するようご注意ください。
源泉所得税の改正のあらまし（H23年7月）
http://www.nta.go.jp/shiraberu/ippanjoho/pamph/pdf/h23aramashi.pdf
マイカー・自転車通勤者の通勤手当（H22年4月現在、国税庁タックスアンサー）
http://www.nta.go.jp/taxanswer/gensen/2585.htm
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